Les banques de données généralistes 
Séquences nucléiques
EMBL (EMBL-BI)
GenBank (NCBI)
DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
Séquences protéiques
Interrogation croisée de banques / bases
Sequence Retrieval System (EBI),
Entrez Browser (NCBI),
Protein
Plus de serveurs d'interrogation...
Alignement sur les banques de données 
Guide de sélection du programme (tBLASTx...) Aide : fonctionnement et utilisation de BLAST
Aide : les méthodes d'alignements, principes et critiques Bases de données de motifs protéiques
MOTIF
Pfam
Prints
Prodom
Prosite
Smart
Tigrfams
Interpro,
InterProScan
Bases utiles en métagénomique
ACLAME,
Artemis,
IS Finder DB,
Islander DB,
MUMmer,
PlasMapper,
Plasmid Genome Database et OrphanMine,
T4-like Phage Genomes.
Article : la métagénomique.
Bases de données générales
Genomes Pages (WGS) @EBI
EnsEMBL Genomes 
EnsEMBL
KEGG, KEGG pathway
Genome On Line Database 2 (GOLD)
Gene Ontology,
Saccharomyces SGD
Genolist,
FlyBase,
ParameciumDB
Protein Data Bank (PDB)
Recherche de séquences par modèle de Markov (MMC) Ressources (bibli et biolo)Pubmed, Pubmed via INIST, BiblioVIE, Science Direct, Fly Move
CRBIP (Centre de Ressources Biologiques de l'Institut Pasteur), bases de données disponibles et logiciels (Bioweb2)
Plate-Forme bio-informatique de Strasbourg
Autres analyses : détection / annotation de gènes, phylogénie.
Phylogénie : SHOT, PhyML, RaxML, Genomicus
Détection de potentiels codants : SHOW 
, GeneMark, Glimmer
Génom. fonctionnelle (puces, enrichissement d'annotation) : Babelomics 4
Documents de cours M1 GCDE 
Phylogénie, évolutionDivers Documents de M2 Génétique Index du cours de génomique de l'institut pasteur Cours de phylogénie de l'institut pasteur Les nouvelles méthodes de séquençage utiles à la métagénomique ? Préparation d'une PCR Documents de M2 Bioinformatique
Les classifications hiérarchiques
Un exemple concret d'utilisation d'un algorithme de classification. Cet exemple montre aussi une démarche de réduction de la complexité d'un problème (analyse des composantes principales).
Pour le refaire à la maison : les commandes R, le jeu de données.
Un cours structuré sur les méthodes de classification, mais surtout, ici, la thèse de Nolwenn Le Meur qui structure avec brio le sujet à partir de la page 125 (faculté de médecine de Nantes).
Documents de synthèse
La métagénomique, histoire et perspectives
Approche qualité et limites des séquenceurs des années 2000
BLAST, algorithme, améliorations et utilisation (version 2010)
BLAST, algorithme, améliorations et utilisation (add. 2013) 
Précis des méthodes d'alignements : principes et critiques
UNIX : traitement des donnees issues du sequencage (tutoriel)
Boîte à outils informatique
Aide memoire des commandes Unix
Plotting data in R,
Forum du logiciel R
Système d'exploitation Bio-Linux (basé sur Ubuntu 10.04)
Gérer les différentes versions de son code avec Bazaar
Nettoyer Ubuntu (Tutoriel) -> Paquet Gavial Nettoyage
Cours de bioinformatique par Dr. Daniel Gautheret
Rédiger
Maitriser le traitement de texte Apache OpenOffice
Gérer une bibliographie sous OpenOffice, débuter avec Zotero
Télécharger un style Zotero adapté au travail universitaire
Utiliser un modèle OpenDocument de rapport scientifique
Conseils de l'université Paris-Sud pour rédiger sa thèse